今トレンド(?)のlmerですが、デフォルトはREMLになってます。
しかしいろいろ調べてみると、固定効果部分が異なるモデルを比較する場合、REMLを使っちゃいかんようです。
REMLは固定構造を考慮せずランダム構造のみの尤度を最大化するのがその理由らしい。
というか固定構造が変わるとREMLの評価基準も変わってしまうようだ。
固定構造を考慮しない推定法で、固定構造の異なるモデルの比較を行うこと自体ナンセンス、ということだろうか。
ここの解釈がまだアヤシイ。
いろいろ見てたらTREEにこんな論文を見つけた。
Bolker et al. 2008 "Generalized linear mixed models: a practical guide for ecology and evolution"
この本もいい。ほすぃ。
Zuur et al. 2009 "Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R"
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